По отчету комиссионера до перечисления денег зависло кредитовое сальдо по с/сч 643. Правильно ли это?

правильно, коли отримаєте кошти, закриєте на 641 (ПДВ)

То есть вы отдали товар, его реализовали и перед вами отчитались, верно?
Да, для вас датой увеличения налоговых обязательств будет получение от комиссионера денежных средств.
А, поскольку сч 643 носит промежуточный характер, и не влечет начисление НО - то такое вполне допустимо