Я - приватний підприємець(спрощена система). Відпускаю товар юридичній особі. Чи потрібно вносити до видаткової накладної довіренність? Чи потрібна вона взагалі???

если доверенность имеется, то потрибно

Яким чином реєструються вхідні довіренності???

Никаким. Прикрепляете себе к вашему єкз. расходной накладной. Єто гарантия что человек с заплатившей Вам фирмі, а не левій.