Подскажите пож. Можно ли не отражать в налоговом учете Приложение № 2 к НН поставщика,в случае если НН выписывается на полученую предоплату, а при отгрузке выписывается приложение № 2 на полученную предоплату и снова НН.

ну Вы же при получении корректировку подписали.
Поставщик отразит ее в Додатку 1 "Розрахунок коригування сум пдв до податкової декларації з податку на додану вартість". А Вы не покажите?
Мне кажется показывать надо.

Нужно учитывать все документы - ведь они не совпадают по датам: НН выписывается раньше (при предоплате), а прилож.2 и новая НН при отгрузке.
Поэтому и в Расшивровке к деке их нужно отразить.