Отпишусь, как разрешилась ситуация, возможно, кому-то будет интересно.
Отнес шеф декларацию в налоговую. Сумму начисленной НСЛ учли, уменьшили годовую сумму дохода и на нее. Поскольку база налогообложения в результате получилась меньше 120 мин.з/пл, налог к уплате - ноль. Инспектор вообще посоветовал декларацию не подавать, поскольку раз нет налога к уплате, нет и необходимости отчитываться; а если подать сейчас - будет штраф за несвоевременную подачу. Отметил у себя в комп-ре, что вопрос снят с повестки дня, еще и извинился, "что побеспокоили". (Могу немножко передергивать - со слов шефа).