1. Сама декларация заполняется на основании реестра и "додатков". Данными для этих документов берутся из НН входящих и исходящих. Если их неправильно внесли, то соответственно будут ошибки. Суммы проверяются по обороткам.
2. Судя из того, что Вы написали был завышен НК, соответственно в бюджет Вы недоплатили деньги и будет штраф.
Я не знаю кем Вы там работаете, но судя по тому как вы написали в п. 2, складывается такое ощущение, что вы халатно относитесь к этой работе.
ИМХО, если Вы беретесь за работу, то вы должны стараться изучать вопрос вдоль и поперек, я конечно понимаю, что все знать не возможно, особенно в наше время, но все же это необходимо. Если на предприятии несколько бухгалтеров, то это говорит о том, что много работы и главбух не всегда может уследить за ее выполнением, поэтому он доверяет людям, которые работают в его подчинении, а если не доверять, то смысла нет держать такого человека.
Простите, если чем то обидела.