сегодня в банковской выписке увидела от банка: Перенос задолженности по кредитному договору
до этого был остаток с "-", а теперь 0.
как этот перенос теперь в 1с провести?

откуда и куда перенесли?

похоже, речь идет о переносе отриц.остатка за счет овердрафта с текущего на спец.счет.
У вас будет еще один счет предприятия,на кот.теперь и будет сумма овердрафта.
Можно 311,можно 313 использовать.