ООО хочет заключить договор аренды легкового авто у физ. лица. В какой момент (и сроки) перечисляется НДФЛ из суммы аренды? НДФЛ платится по месту юр. адреса ООО или по месту прописки физ лица? И еще вопрос:нотариус утверждает, что существует некая расчетная цена аренды авто. Как ее рассчитывают?

Обязательно заключается договор аренды и заверяется нотариусом.
Имхо, рассчетная цена аренды действует для аренды недвижимости.
НДФЛ перечисляется в день выплаты вознаграждения по месту регистрации ООО.
Если выплата вознаграждения задерживается, то НДФЛ необходимо заплатить до 30-го числа след.месяца.