Подскажите как быть у нас на предприятии есть 2 склада на которых числятся 2 кассовых аппарата, но склады в разных городах, как правильно заполнять приходные кассовые ордера на каждом складе отдельно или один общий?

ПКО отдельно по каждому складу. Кассовую книгу можно вести одну.

Так остаток в кассе тоже будет общий, как при проверке показать остаток денежных средств по 1 складу?

А зачем Вам его при проверке показывать? Есть общий лимит для предприятия, его превышать нельзя.
Но если хотите вести две кассовые книги, такая возможность для обособленных подразделений есть в положении о ведении кассовых операций:

4.2. Все поступления и выдачу наличных в национальной валюте предприятия отражают в кассовой книге (приложение 5). Каждое предприятие (юридическое лицо), имеющее кассу, ведет одну кассовую книгу для учета операций с наличными в национальной валюте (без учета касс обособленных подразделений).
Обособленные подразделения предприятий, проводящие операции по приему наличных за проданную продукцию (товары, работы, услуги) с оформлением их приходным кассовым ордером, а также по выдаче наличных на выплаты, связанные с оплатой труда, производственные (хозяйственные) нужды, другие операции с оформлением их расходными кассовыми ордерами и ведомостями, ведут кассовую книгу.
Обособленные подразделения предприятий, страховые агенты, брокеры, распространители лотерей, которые осуществляют наличные расчеты с применением РРО или РК и ведением КУРО, но не проводят операций по приему (выдаче) наличных по кассовым ордерам, а также предприниматели кассовую книгу не ведут.

В общем, если есть выдача наличных, кроме сдачи в выручки в банк, можно вести на обособленном подразделении вторую кассовую книгу. Я веду одну книгу, у меня в подразделении бухгалтера нет, не хватало, чтоб они мне с кассовой книгой напортачили. Мне хватает переживаний с РРО.