все просто- сторно проводок, которые Вы делали по НДС при оприходовании ТД:
6412 3771 сторно,
а в Декларации по НДС в периоде получения корректировочного листа отобразили уменьшение НДС, уплаченного на таможне?!
если нет, нужно уточненку подавать по НДС (прочитала, что с год назад это случилось?)- если бы в месяце получения корректировочного листа, просто "утопить" этот минус в 11 стр Декларации, сейчас думаю только уточненкой. Уточнять прошлые периоды муторно, особенно, если минус переходит в плюс, надеюсь, Вам не придется