НН выписана ФОП (неплательщику НДС), с кодами УКТЗЕД., Она подлежит регистрации?

Нет

Зарегистрировала НН в ЕР с подписью бухгалтера, на которого нет цифровой подписи. Как теперь исправить и нужно ли исправлять?

Боюсь, что исправить уже никак.
Можно только выписать снова налоговую только с новым номером и зарегистрировать, ну а ту придется так сказать "аннулировать".
Налоговая сейчас очень хочет чтоб подпись на печатном варианте и зарегистрированом была одинакова.

Спасибо за ответ. Вот только НН электронная, а электронные же можно не печатать. То есть печатного варианта как бы нет.