Вам необходимо подтвердить "обычность" продажной цены, даже если она будет ниже остаточной в бухучете.
Лучше всего это сделать, оформив акт оценки у независимого эксперта-оценщика, в котором будет указана цена, по которой вы потом продадите авто.
Чуть менее впечатляющими для налоговой доводами являются объявления с ценами на аналогичные автомобили (распечатки за тот период, в котором вы продавали авто).
Еще один вариант - провести торги (аукцион) при продаже автомобиля, оформив это необходимыми документами (как проводятся тендеры при закупке за бюджетные средства).
В общем - проявите смекалку, подтвердите продажную цену документально. И тогда спокойно начисляйте НДС, отталкиваясь от продажной цены, и уменьшайте в налоговом учете вторую группу ОФ на сумму продажи без НДС.