Одному из сотрудников на карточку не перечисляем ЗП, а снимаем по карточке-ключу, и получается что когда снимаем, то сумму снять под ноль не можем - снимаем меньше чем надо, всегда остается невыданный остаток по ЗП до 50 грн...., т.к. банкомат ( приватбанк) не дает точной суммы....

Чем это чревато для предприятия?

Переводите на карту больше денег. снимаете необходимое количество для выплаты по ведомости, - проводите как положено. + комиссия банка проводится отдельно.
сотрудник не должен страдать от способа получения Вами денег.
и почему если в одном месяце не доплатили 50,00 грн - во втором не компенсировали?
закройтесь в этом месяце с сотрудником под ноль

Вы же ЗП выдаете из кассы: банкомат-наличка-деньги в кассу-выдача по ведомости - разменяли и выдали
или напрямую сняли-разменяли-выдали. остаток в кассу или обратно на карту