Подали документы в начале июня гос регистратору ( меняется директор), до сих пор на их сайте ничего не изменилось.....( приказ об уволении концом мая), так эл. отчеты мы не можем пока сдавать? У нас ключи на старого директора и новый в реестре пока не появился.....Как быть с отчетностью??

Странно, они обычно за день-два всё вносят и рассылают соответствующим "органам".
Может сайт глючит или ваши доки потеряли? Думаю, стоит у них поинтересоваться.