Есть ли вообще документ, подтверждающий факт конфискации? Как предприятие отреагировало на случившееся? Что говорит юрист? Судиться собираетесь? С Туркменистаном и водителем?
Списание машины может подождать до появления официального документа, а пока - лучше без затрат по амортизации.
При увольнении за прогул как вы будете документировать факт отсутствия на рабочем месте? Может у него телефон украли и деньги, и он не может выйти на связь? Я бы в табеле проставляла "неявки по невыясненным причинам" или "прочие причины неявок", после решения суда есть причина для увольнения по ст.36-7 КЗоТ.
Может стоит обратиться в посольство о пропаже работника?
Допблаго по подотчетным средствам и НДФЛ - спорный вопрос, командировка не окончена, как вы установите, что подотчетные деньги не возвращены в установленный срок?
Затраты на бензин можно пробовать списать актом и приказом - вы же услугу оказали и доход получили, есть факт подтверждающий доставку груза и примерно пройденное расстояние. Также дату выгрузки можно учесть для расчета суточных и уменьшения задолженности по подтчету по акту и приказу.
У вас нестандартная ситуация, поэтому "обычные" документы в виде путевого листа и отчета по командировке следует чем-то заменить. Сделайте акт с описанием ситуации, подписи комиссии, утверждение директором, приказ на списание гсм и суточных для бухгалтерии. Я бы шла по такому пути.