Подскажите, что делать в сложившейся ситуации.

3 года работаем с одним заказчиком, выполняем ремонтные работы за счет бюджетных средст. В договорах нигде не прописано, что они плательщики ПДВ и нету их ИНН и свидетельства (их директор при оформлении договора сказал что не знает, вроде нет) Соотвественно налоговые накладные выписывала по дате получения денег на счет и ставила типа причины 02 (неплатник ПДВ)

Сегодня случайно увидела счет выписанный ими (где было ПДВ!!!). за три года они ни разу не связались с нами, что они оказывается плательщики ПДВ и что им нужны налоговые. Видимо они их не отображают.

мне корректировать все налоговые, но тм большие суми в этом году, и уточненок очень много делать придется по декларации, или оставить как есть?

Оставить как есть, иначе и себе и им только хуже сделаете. У себя нельзя перевыписать без штрафов. А если у них эти НН не включаются в НК, то логично предположить, что они себе НН на эти суммы и не выписывали по новым правилам в виду отсутствия ваших НН.

а какие штрафы грозят за такое? если найдут конечно, у меня просто в основном неплательщики и их очень много за месяц, если проверять все налоговые обязательства, то им месяца не хватит...

Проверьте их в реестре на сайте ГНИ, может они и неплательщики, мало ли что в счете может быть написано.