Все зависит от того, как у вас в договоре: если арендная плата в месяц фиксированная сумма, то ед.измерения "месяц", а кол-во пропорционально сумме (0,5 например если поступило половина месячной суммы.
если же у вас в договоре арендная плата исходя из кв. метра, то соответственно и ед.изм. в нн будет кв.м., а кол-во при неполной предоплате вычисляете расчетным путем.
Именно договор определяет нюансы заполнения всех документов и нал.накладных в том числе, не даром в налоговой накладной есть ссылка на номер и дату договора.