Доброго дня, підкажіть, при заповненні квартальної декларації платника ЄП юридичної особи ставимо в дохід (ми за ставкою 3%, тобто платники ПДВ) суму повністю, яка прийшла на рахунок, чи знімаємо ПДВ? Тобто 5000грн *3% чи 4166,67грн*3% ?Та чи ставимо в дохід суми оплати за товар, який було відвантажено на загальній системі?

НДС отнимаете конечно.

В доход ставите за "-" НДС, а насчет второго вопроса вот Вам (пункт 6) :
При застосуванні спрощеної системи оподаткування, обліку та звітності до складу доходу юридичної особи - платника єдиного податку третьої групи, визначеного статтею 292 Податкового кодексу України, не включаються:

1) суми податку на додану вартість;

2) суми коштів, отриманих за внутрішніми розрахунками між структурними підрозділами платника єдиного податку;

3) суми фінансової допомоги, наданої на поворотній основі, отриманої та поверненої протягом 12 календарних місяців з дня її отримання, та суми кредитів;

4) суми коштів цільового призначення, що надійшли від Пенсійного фонду та інших фондів загальнообов’язкового державного соціального страхування, з бюджетів або державних цільових фондів, у тому числі в межах державних або місцевих програм;

5) суми коштів (аванс, передоплата), що повертаються покупцю товару (робіт, послуг) - платнику єдиного податку та/або повертаються платником єдиного податку покупцю товару (робіт, послуг), якщо таке повернення відбувається внаслідок повернення товару, розірвання договору або за листом-заявою про повернення коштів;

6) суми коштів, що надійшли як оплата товарів (робіт, послуг), реалізованих у період сплати інших податків і зборів, встановлених Податковим кодексом України, вартість яких була включена до доходу юридичної особи при обчисленні податку на прибуток підприємств;

7) суми податку на додану вартість, що надійшли у вартості товарів (виконаних робіт, наданих послуг), відвантажених (поставлених) у період сплати інших податків і зборів, встановлених Податковим кодексом України;

8) суми коштів та вартість майна, внесені засновниками або учасниками платника єдиного податку до статутного капіталу такого платника;

9) суми коштів у частині надмірно сплачених податків і зборів, встановлених Податковим кодексом України, та суми єдиного внеску на загальнообов’язкове державне соціальне страхування, що повертаються платнику єдиного податку з бюджетів або державних цільових фондів;

10) дивіденди, отримані платником єдиного податку - юридичною особою від інших платників податків, оподатковані в порядку, визначеному Податковим кодексом України.