Сумма НДС по импорту затяивается в деку не из ГТД ,а из документа-Запись книги приобретения,куда Вы заносите данные по ГТД,выбирая,что это импорт.Во всяком случае так в 1С7,7,сумму без НДС ставите сами,умножая импортный НДС на 5.Если делаете документ книги приобретения на основании ГТД,то в строчку без НДС втягивается сумма инвойсная,а не таможенная стоимость,у меня например они оччень отличаются,поэтому надо самому контролировать сумму без НДС.