6413 это наша прибыль,
а прибыль иностранного юрлица?

Налог на репатриацию вы перечисляете в бюджет, так? Вот и берете за основу счет 641. Я вела 6416. Выплачивая доход - Д6416 К311, отражала переплату до подачи декларации по прибыли. Подав декларацию, отдельно отражала прибыль (6413) и налог- 6416. В налоговой ведется отдельно лицевая карточка по прибыли и по налогу на репатриацию. Попросите у своего нерезидента справку, что он является резидентом своей страны и стоит на учете в своей налоговой. Справка может быть за 2015 год. Но если доход выплачивался в 2016, в конце года, пусть пришлют новую.
И еще, данную справку подписывают в каждой стране определенные люди, и ДПИ наши проверяют ФИО и должности. Без такой справки вам не зачтут уменьшение % налога.

Нерезидент оказывает укр. компании консультационные услуги. Будет ли здесь налог на репатриацию?

Нет. Если это именно консультационные услуги, а не инжиниринг, к примеру.

****************************************************************************
Я девушка творческая. Хочу - творю. Хочу - вытворяю.

Например, консультация по налогообложению.