З постачальником укладено (письмово) договір про виконання робіт, в якому передбачено, що підставою для оплати є рахунок або акт виконаних робіт. Відповідно по завершенню робіт постачальник надав рахунок і акт. Які можуть бути правові наслідки для підприємства(отримувача послуг) якщо в призначенні платежу за дані роботи вказано лише договір (наприклад: згідно договору №NN від NN.NN.NNNN року)?

ніяких. Ви сплатили згідно договору, в якому обидві сторони згодились на послуги на їх оплату - терміни, а також в якому прописали, що коли отримали акт або рахунок (де вже зафіксована вартість) то це вже є підставою для оплати.