В зависимости от того, что они вам в письме написали если например:
"просим вернуть ошибочно оплаченную сумму..."
то на мой взгляд выделять НДС не надо, а если например
"просим вернуть предоплату за ... в связи с тем, что нам даром не надо ваше ..."
то тогда кроме выделения НДС по правилам вам надо еще и на предоплату выписать налоговую накладну, а на возварат корректировку налоговой накладной и соответственно в деке отразить в налоговых обязательствах и приложении корректировке