Ми експедитори, з замовником оплата штрафу за вимушений простій домовлена договором по 50 грн за годину, а з безпосереднім первізником - 25 грн.

Відповідно при появі факту простою нам перевізник виставляє претензію на 25грн, а ми замовнику 50грн.

Відповідно виникає позитивна різниця, чи правильно це і як відобразити в обліку?

Одно другого не касается
Есть два разных договора с разными условиями и в т.ч. условия возникновения штрафных санкций (неустоек)

штраф (неустойка) от заказчика 361 / 715
штраф (неустойка) перевозчику 948 / 631