Например аренда ОС ( линия электропередач) - ежемесячная амортизация 3133 грн., договор с неприбыльной организацией. Мы должны четко выставлять счета на 3133 грн. ( чтобы было все обоснованно) или можем чуть больше??

Спасибо.

Можете больше. Цель хозяйственной деятельности - получение прибыли.

Можно и нужно чуть больше, т.к. ваша цель сдачи в аренду - получение прибыли, а не просто покрыть вашу амортизацию (смысл тогда сдавать в аренду?). Для обоснованности на амортизацию возьмите еще проценты накрутите - рентабельность (сколько посчитаете нужным, и сколько готовы заплатить, т.к. это рыночные отношения). То что арендатор - неприбыльщик для вас не имеет значения, у вас прибыль и НДС на общих основаниях возникают.