Никогда не сталкивалась с больничными, перечитала кучу статей, однако остались вопросы.

Сотрудник открывает больничный с 01.02.2018, однако болеть будет где-то полгода, а может и дольше. Наши действия сейчас?
С 01.02.18 табелируем и начисляем больничные. За первые 5 дней платим мы, потом должен платить фонд. Фонд возмещает грязную зарплату с воен. и ндфл, есв платим сами?
Но больничный сотрудник принесет через полгода. Мы делаем выплаты сотруднику и платим налоги по больничным в стандартные сроки вместе с выплатой зарплаты или ждем, пока принесет больничный? Или платим налоги, отражаем в отчетах, а выплату делаем после того как принесет больничный? Когда открывать спецсчет для выплаты больничных (можно сейчас?) и можно это сделать в электронном виде?

Пока у Вас на руках не будет больничного листа, Вы НИЧЕГО не начисляете и не выплачиваете.
Ну, можете спецсчёт открыть, чтобы был готов к работе.
Получите больничный - начислите за первые 5 дней, платите податки и выплачиваете челу.
На остальные дни больничного формируете Заяву-розрахунок и несёте в соцстрах. Придут деньги на спецсчёт - платите податки и выплачиваете челу(в день ближайшей выплаты зарплаты/аванса).
P.S. Больничного на полгода не бывает, это будет несколько больничных листов: первичный и продолжения. Вероятно, сотрудник будет эти листы передавать Вам по мере получения, чтобы денежку получать.

Хорошо, а как я это отражаю в отчетности? В есв? Принесет мне человек больничный через 2 месяца допустим. При подаче отчета по есв н-р за февраль, я все равно должна оплатить за него не менее минимального взноса и показать должна что сотрудник на больничном? Или начисления я делаю в марте, а в отчете за февраль что прочерки?

Пока у Вас не будет больничного листа в руках - никаких телодвижений.
Принесёт б/л в марте - значит, в отчёте по ЕСВу за февраль показываете только дни труд. отношений, всё остальное - нули.И платить в феврале за этого человека тоже ничего не надо, никакого минвзноса : Вы же ещё не знаете его февральского дохода.
А в отчёте по ЕСВу за март покажете начисление больничного за февраль.
Вы погуглите на эту тему, есть много инфы. И на Форуме тоже уже не раз обсуждалось...

Спасибо, гуглю. Прочитала множество статей и перечитала форум, и как раз обо всем и сразу, а вопросов все равно масса. Ни разу не подавала отчет с прочерками...

Ну, не с прочерками, а с нулями...
Это у Вас один-единственный сотрудник?