Валя, это предоплата или оплата по факту поставки? если предоплата, по курсу предоплат(ы), если еще не оплачен- по курсу в ТД (дискуссии по курсу даты перехода права собственности тоже имеют место быть, но этовсе не практика, а высокие материи)
Я так поняла, что у Вас предоплата- ок, оплатили 1000 евро, пусть даже и кусками, - 500*31,50; 500*32,0 Итого приходуете по курсу 31750/1000=31,75. 1С все сама чудно считает, только проверьте, связка по докам- счет на оплату поставщика- плат поручение- поступление товаров, и чтобы все курсы в справочнике были забиты на дату платежек.
Далее загоняете в себестоимость доставки до своего склада, услуги брокера, страховки, и т.п.