Была такая же ситуация в І квартале. Принялись два отчета 1ДФ с разными номерами. В налоговой сказали, что не факт, что задвоится отчет, нужно подождать. Через месяц подала запросы от имени физлиц (наших работников) о суммах выплаченных и удержанных налогов за І квартал. По ответу на запрос было видно, что данные 1ДФ не задвоились и в налоговой сказали, что ничего уточнять не надо. Но сказали, что нам повезло, могло быть и по другому.