А Вы регистрируете НН именно за тот период, в котором превышение образовалось?
Сама не пробовала, но нам по причине отрицательного лимита Водоканал с 2015 года НН не регистрировал и Облэнерго с октября 2017, а сейчас исправно регистрируют с опозданием в месяц. Из этого делаю вывод, что регистрируют они за счет превышения. Регистрировать НН они начали после подачи новой деки. Предполагаю, что регистрировать за счет превышения можно только те НН, что уже поданы в деке как не зарегистрированные.