Переплата по договору № 1 расценивается как предоплата за товары/услуги. Соответственно, требования и в самом деле получаются неоднородные - там товарная задолженность, там денежная.
Сделайте их однородными - подпишите акт сверки + доп.соглашение в договору № 1 о том, что уплаченные средства в размере ... являются переплатой + долгом фирмы А, и фирма А должна вернуть вам ее не позднее такого-то числа. Таким образом, товарный долг станет денежным.
После этого самого числа - даты погашения обязательства - можете подписывать акт зачета, если по договору № 2 срок оплаты тоже наступил.