Получается как бы взаимозачет. НБУ запрещает такие опреции, уточните у банка, были недавно улучшения, может отменили уже. Вычитайте кредит-ноту, там написано что они делают скидку в счет погашение доп расходов или какая там текстовка?
Если движений нет еще, то проще подписать доп соглашение и изменить стоимость товара, ничего не упоминать о этих доп расходах.
Или делать 2 сделки: 1-договор поручения, где вам поручают сделать то-то и то-то для заказчика за формальное вознаграждение (заказчик должен оплатить) и 2- договор поставки на полную сумму, который вы оплачиваете полностью. Получается часть суммы туда-сюда движется.