я думаю, способ подачи заявления госрегистратору абсолютно не влияет на сроки снятия с учета в налоговой.
Так, на всякий случай, Вы ж это сделали - - закрыли у госрегистратора, потом в налоговую подали ликвидационные - единый (если единщик), про майновый стан (если на общей), и, конечно, ЕСВ.
я еще подаю в произвольной форме заявление на аудит в связи с прекращением.
По срокам проверки - очень рендомно. В Киеве Святошинский сделал через 6 мес после ликвидации. А Голосеевский, например, по закрытому в декабре 2016г ФОПу вот только сейчас начинает проверять.
Снимаете с учета у госрегистратора, подаете все в налоговую. И расслаюляетесь - они сами Вас найдут на проверку