недостачи это ж такая теория)), прям странно, что вопросы возникают.
В нормы естественной убыли не укладываетесь? думаю, уложитесь, ищите нормы для своей отрасли/товара, если не хватает, списываете сверх норм. Формально- все что сверх норм, ищем виновного, списываем. У Вас я так понимаю, виновного нет. Приемщик пишет докладную руководству,- при приеме товара по накл № от была выявлена недостача столько-то и т.п. Далее выясняете у поставщика, фиксируете факт недостачи, описываете причины, почему виновного найти не удалось- выдумывать ничего не надо, описываете все как есть. Ну и далее- приказ дира на списание. Это если сверх норм, по нормам и расследования никакого не нужно, достаточно приказа. По проводкам, уверена, справитесь), и по НДС тоже