1. ждать проверки
2. с себя вы можете снять эту ответсвенность, потратить мнооого времени и написать бух спраку.
подать ее директору и сказать, что так и так вот мол так у вас было
3. обязательно получить сверку от таможни где у вас будет что у вас по нулям с мытнэцэй
4. списываете у себя по бух учету эту задолженность , согласно акта сверки.
5. не уверена что третей групе эти суммы засчитают в доход, а как затраты они вам никак не влияют у вас же 5% от поступлений.
возможно просто в 1с не верно разносили.