Я бы сделала так:
1. По первому вопросу однозначно да, в отчете за сентябрь покажите все начисления по больничному
2. больничные отразить:
07 - гр.9 - 29, гр.13 - 4 дня , сумма
08 - гр.9 - 29, гр.13-26 дней, сумма
зар.плата за сентябрь как обычно
отпускные за июль откорректировать:
гр.10 - 10 , месяц июль, и сумма отпускных и налогов за 4 дня с минусом
догулянный в августе отпуск соответственно гр.10 - 10, месяц август и сумма отпускных за 4 дня
Ну и если показали в отчёте за август начисления зар.платы за август за те дни, которые он в итоге отгулял, значит тоже откорректировать:
месяц 8, гр.9 - 1, з.пл и налог с минусом