Вы уверенно говорите что "Так как разрешается не регистрировать НН если возврат в течение 3 рабочих дней"
Я такое не встречал в Налоговом законодательстве Украины.
Вы для себя решите, эти деньги ошибочные и не являются оплатой за поставку - тогда налоговой накладной нет и соответственно корректировки при возврате.
Или эти деньги - аванс предоплата за поставку товара (услуг) - тогда в любом случае должна быть налоговая накладная и корректировка к ней (не зависимо сколько дней прошло).
Свое принятое решение об "ошибке" вы подтверждаете документами - перепиской с предприятием о возврате ошибочно перечисленных денег.