Как правило проверка договоров аренды с физлицами - для проверяющих это отдельный и важный вопрос. Они тупо сверяют Договор с 1ДФ. У Вас есть сумма дохода (она указана в договоре) и период начисления - это месяц.
Внести изменение в договор Вы не сможете без нотариуса, т.к. такие договора и изменения к ним регистрируются у Нотариуса.
Теперь уже остается только подстраиваться под эти суммы в Актах.
Нужно обосновать почему сумма начисления меньше чем в договоре.
Например фактически аренда в каждом месяце была неполной в связи с этим и сумма платилась пропорционально, т.е. первые три недели каждого месяца вы арендовали этот автомобиль, Остальное время Вы не пользовались автомобилем. Возвращали этот автомобиль для его личного использования. Возвраты оформить актами передачи.(Это уже не профессиональный совет, у меня такой ситуации не было)