Помилки дійсно немає. При отриманні передоплати Ви нараховуєте собі податкові зобов'язання. При митному оформленні - податковий кредит. Тут треба розуміти різницю між імпортом та придбанням на території України.
1. На території України придбано товар на 1000 грн + 200 грн ПДВ, всього 1200. Вся сума сплачується продавцю і 200 грн включається в ПК.
2. При імпорті придбано товар на 1000 грн, але ж продавець не платник ПДВ, тому 200 грн сплачує покупець, також всього 1200. Після митного оформлення 200 грн включаються в ПК.
Виходить в обох випадках собівартість товара 1000 грн, ПК 200 грн. Тобто, при покупці в Україні Ви цей ПДВ сплачуєте постачальнику, при імпорті - на митницю.