Вернули товар поставщику. Транспортные расходы по доставке возврата оплатила наша компания. На какой счет правильно отнести эти расходы?

Это текущие расходы от операционной деятельности - прочие
т.е. если Вы используете 9 кл. тогда это будет 949сч.
Это в теории.
А на практике люди используют также сч.91 и 93

949