если на начало года остаток бензина на складе 5000л.
В течении 2008г. бензин еще покупался, списывлся,но на ВР этот приобретенный бензин не брали.
Если я в декларации по прибыли в додаток К1/1 на конец года поставила 5000л, чтобы не было ни прироста ни убыли-это не правильно?

Вы же его учитываете на 203 счете, и если остаток на конец или уже на начало года по запасам остался 5000 л , то правильно.