Главное, что у перевозчика - транспортной организации есть лицензия!
А товаро-транспортные накладные - информ.док-т, которые только подтверждают перемещение товара, но там нет ни стоимости товара, ни стоимости оказанных услуг по перевозке этого товара... Поэтому основанием для возникновения затрат считается акт выполненных работ на перевозку по маршруту как в ТТН и договор транспортного экспедирования с обязательным пунктом, что перевозчик третье лицо...
Подложите договор экспедитора с перевозчиком (+копия лицензии, св-во про регистрацию)