Нашему предприятию оказывает транспортные услуги экспедитор - частный предприниматель, у которого нет лицензии. Ему выставляет счета - транспортная организация, у которой она есть.

Сейчас у нас плановая проверка. Налоговая хочет снять ТЗР с затрат, так как у предпринимателя нет лицензии. Мы доказываем им, что он просто экспедитор. На товаро-транспортных накладных печать только экспедитора. Может поставить печати еще и транспортной организации?

Главное, что у перевозчика - транспортной организации есть лицензия!
А товаро-транспортные накладные - информ.док-т, которые только подтверждают перемещение товара, но там нет ни стоимости товара, ни стоимости оказанных услуг по перевозке этого товара... Поэтому основанием для возникновения затрат считается акт выполненных работ на перевозку по маршруту как в ТТН и договор транспортного экспедирования с обязательным пунктом, что перевозчик третье лицо...
Подложите договор экспедитора с перевозчиком (+копия лицензии, св-во про регистрацию)

налоговая не права
согласна с магда_а
Договор у Вас должен быть, договор на транспорно-экспедиционное обслуживание, где Вы Заказчик, СПД-ФЛ - Экспедитор, который за Ваш счет организовывает перевозку груза, привлекая третье лицо - перевозчика. Экспедитору лицензия не нужна. Дополнительно Можете сослаться, на ЗУ о Транспортно-экспедиционной деятельности т.е. действуете в рамкам закона.

а если возможно, отправьте,пожалуйста, договор на тран-экспед обслуживание