Да все Вам правильно сказали в налоговой, и отсылка к п.9.12.1 Закона о НДФЛ тоже к месту.
Если Ваш контрагент - частный предприниматель (неважно, на едином налоге или нет), то при выплате ему вознаграждения Вы не должны удерживать НДФЛ. Связано это с тем, что по результатам своей деятельности он сам обязан рассчитаться с бюджетом (с учетом особенностей избранной им системы). Об этом и говорится в указанном выше пункте Закона.
А вот на что следует обратить внимание, так это на дополнительные условия, которые при проверке выдвигаются налоговиками в качестве необходимых доказательств правомерности неудержания.
Разъяснение налоговиков по данному вопросу содержится, например, в письме ГНАУ от 13.03.2006 г. № 2241/6/17-0716 . В нем речь идет о том, что в случае возникновения хозяйственных отношений с физическими лицами — предпринимателями предприятие должно требовать копии Свидетельства о регистрации предпринимательской деятельности, Свидетельства об уплате единого налога, платежных документов об уплате единого налога или авансовых платежей налога с доходов физических лиц, в целях избежания двойного налогообложения доходов этих лиц.
То есть эти документы будут служить основанием для неудержания НДФЛ у источника выплаты доходов, а также служить подтверждением правильности действий предприятия при проведении проверок налоговыми органами. Их наличие весьма и весьма облегчит Вам жизнь.
Можно с этим соглашаться или спорить, но иметь это в виду - крайне важно. (Хотя на мой личный взгляд достаточно было бы и просто реквизитов тех документов, копии которых требуют хранить налоговики. А не верят - пусть проверяют).