Добрый день! Затраты на обучение - 3% от ФОТ. Подскажите, нужно считать суммы счетов, выставленных от контрагента или еще плюсовать затраты на командировочные расходы работников, которые обучались?

Вы что-то не поняли.
3 % ФОТ - это ФОТ за отчетный период работников всего предприятия, а не только лиц, которые обучаются.
Состав ФОТ см в Інструкція зі статистики заробітної плати (наказ Державного комітету статистики України від 13 січня 2004 р. N 5)

Это я, наверное неправильно спросила. В состав ВР включается сумма на обучение, не превышающая 3% от ФОТ всех работников. Это понятно. А мне хотелось бы уточнить. Расходы на обучение - это только суммы по счетам? Или командировочные тоже?

Возмещение командировочных не вкл. в ФОТ на основании пп. 3.15 Инструкции № 5

Это "Оплата праці за час перебування у відрядженні (не включає відшкодування витрат у зв'язку з відрядженням: добових, вартості проїзду, витрат на наймання житлового приміщення) вкл в ФОТ (пп. 2.1.6).

Это я понимаю. ВР на обучение = 3% от ФОТ = 100 грн. Счет за обучение - 100 грн., командировочные работника, который обучался в Москве - 100 грн. На ВР - только 100?

3 % от ФОТ касаются только обучения в отечественных учебных заведениях, а не заграницей.
Еще раз внимательно перечитайте (абзац третій підпункту 5.4.2 пункту 5.4 статті 5 Закону про прибуток)