Авансовые отчеты проведены, но в декларацию по НДС некоторые чеки не вошли. Можно их включить в текущую декларацию аналогично поздно полученным налоговым или обязательно делать уточненкой? Это же не совсем тоже самое, что и поздно поступившие налоговые. Авансовый отчет есть, значит и чеки при нем поступили.

проведите лучше коригуванням через 16.1

И в додатке 1 указывать данные по чекам или общая сумма с записью "исправление ошибки"? После появления додатка 5 еще не приходилось исправлять предыдущий месяц в текущей декларации.

ИМХО - общая сумма с записью "исправление ошибки"