Если одно предприятие заключило один договор с другим предприятием на оказание несольких разных услуг, таких как ремонт оборудования, оформление разрешения, консультационные услуги, можно ли это все закрыть одним актом выполненых работ, выделив каждую услугу и е стоимость или необходимо несколько актов?

нет, под разные услуги разные договора. под каждый договор, акт

А если договор уже подписан и в работе и он один?

тогда и акт можно один, я так думаю

имхо-это некорректно - под разные услуги делать один договор и один акт.
И разве эти услуги будут вам оказаны в одно и то же время?

Договор можно один, но акты на разные услуги - отдельно. Согласовать с заказчиком, как ему удобней, ну и вам, конечно