Подскажите, если мы купили услуги (лицензии на использвание ПО) во 2-м квартале, а продали в уже в 3-м. Что за такое может быть? Во втором отнесли на затраты, а в 3-м на доходы? Без 28 счёта. Цена около 18000грн.

На счете 28 учитываються только запасы, по ним же рассчитывается прирост. А у Вас нечто другое...
Учет правильный