Нараховано чи виплачено? Виплачені премії - практично не переглядаються, якщо не було помилки в наказі.
Перенарахування - як робочий варіант - криза ж бо. Почитайте "Кодекс законів про працю" - зайвим не буде.
Перерахунок при звілненні виконується обов'язково - це, скоріше, відноситься до соцпільги. Ще нараховуються компенсаціїї за всі невикористані відпустки. Утримати зайво виплачену з/п можливо за останній місяць (теж є нюанси), за більше - з Вашої згоди. На все повинні бути накази, на дещо - Ваша згода. Взагалі - реорганізація підприємства - важка справа, треба розуміти.
При звільненні Вам повинні зробити повний (правильний) розрахунок, інакше протягом 3 років при виявленні Вами помилки можна звернутись в суд. Всі зацікавлені в доброму розставанні. Звільнятись треба уміти, краще по-доброму, життя ж бо різноманітне.
Щоб отримати повнішу відповідь, треба точніше ставити питання.
Удачі.