Никогда с таким не сталкивалась.может кто знает,есть ли какие-то особенности работы с предприятием-подрядчиком, у которого статус плательщика на прибыль на основании Закона Украины " О специальной экономической зоне"?

Там, наверное, какие-то льготы по прибыли. Значит, отношения с таким контрагентом, как с плательщиком не 25%.
А Вы бы спросили у поставщика лучче сразу.

****************************************************************************************************************************