Авансовый платеж писать нельзя. Но каждую позицию пропорционально тоже необязательно. Можно, например, позиция1- 1шт., позиция2-0,01шт. Главное на общую сумму выйти.//
Интересно: а если у меня договор, а в договоре спецификация позиций - 10.
Можно в НН на предоплату по договору включить например 2 позиции и выйти на сумму предоплаты? А при окончательном расчете - выписать НН на оставшиеся 8 позиций?
А если в спецификации некоторые позиции освобождены от НДС? - можно по предоплате выставить НН на товар без НДС, а при окончательном расчете на товар с НДС.