Подскажите, как быть в этой ситуации, доначислять НО или нет

ГТД фактурная стоимость – 383 130,05
Таможенная 020 – 101 835,36
028 – 224 037,80
НДС по фактурной стоимости получается - 76626,01
По таможенной соответственно - 224037,80, разница 147 411,79????

что-то у вас с цифрами не то или неправильно дали инфу

020 - это не таможенная стоимость, а пошлина, скорее всего. Таможенная стоимость - в поле 46 Статистична вартість. Какая там у вас сумма?

Смотрите в ГТД:
столбец 22 - это фактурная ст-ть товара
столбец 12 - это фактурная ст-ть товара + трансп. услуги + страхование + ...., т.е. сумма может быть больше суммы в столбце 22

020 - это пошлина, на которую, как и на товар начисляется НДС, возможно поэтому у вас не получается сумма, т.к. вы считаете НДС только от факт. ст-ти товара.