СПД-ФЛ получает доход от сдачи в субаренду части помщения, которое он арендует у Горисполкома (магазин)
С этого дохода он платит 15% НДФЛ.
Вопрос: нужно ли платить 33,2%с дохода от субаренды в пенсионный?

Спасибо

Конечно нужно, но с прибыли.

От чистого дохода,показаннного в декларации о доходах, 15% - НДФЛ и 33,2% - пенс. Это для общей системы налогообложения. Если 33,2% в ПФУ окажется меньше минимального страхового взноса - придется доплачивать.